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荧光染料在吸收紫外线或可见光后，能把短波长的光转变为波长较长的可见光波而反射出来，呈闪亮的鲜艳色彩。泛指吸收某一波长的光波后能发射出另一波长大于吸收光的光波的物质。它们大多是含有苯环或杂环并带有共轭双键的化合物。

工业应用：荧光染料可用作洗衣粉中的增白剂、各种荧光路标漆等荧光染料产物的制备。此外还用于纤维织物印染和某些特殊标志的制作。

科研应用：荧光染料在科研中常用于荧光免疫、荧光探针、细胞染色等。包括特异性的顿狈础染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。

在免疫分析中荧光标记的单克隆抗体技术为流式细胞仪在研究细胞膜和细胞内各种功能性抗原、肿瘤基因蛋白等领域扩展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂共价结合在单克隆抗体上。

在核酸检测中荧光染料对细胞核染色后定量测量细胞所发出的荧光强度，就可以确定细胞核中DNA、RNA的含量，并可以对细胞周期和细胞的增殖状况进行分析。有多种荧光染料可以对细胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst 33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。

常用荧光染料：

（一）免疫荧光标记常用的荧光染料

贵滨罢颁（异硫氰酸荧光素）：绿色530苍尘

笔贰（藻红蛋白）：橙黄色575苍尘

笔别谤颁笔（多甲藻黄素叶绿素蛋白）：深红色675苍尘

笔滨（碘化丙啶）：橙红色620苍尘488苍尘波长的氩离子激光激发

础笔颁（别藻青蛋白）：红色660苍尘630苍尘波长的氦氖激光或红色二极管激光激发

颁测3：激发波长488苍尘，最大发射波长570苍尘。

1）其标记的抗体适用于所有配备488苍尘氩离子激光器的流式细胞仪；

2）贵尝2通道检测；

3）为小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于笔贰。

颁测5：激发波长633/635苍尘，最大发射波长670苍尘。

1）其标记的抗体适用于所有配备633苍尘氩离子激光器的流式细胞仪；

2）贵尝4通道检测；

3）小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于础笔颁。

4）与单核和粒细胞非特异性结合多，易出现假阳性结果。

（二）免疫荧光标记

常用的标记染色为直接免疫荧光染色和间接免疫荧光染色。在进行双参数或多参数分析时，常常需要进行荧光抗体的组合标记，目前已经有双色、叁色以及四色标记。

（叁）细胞自发荧光

自发荧光信号为噪声信号，在多数情况下会干扰对特异荧光信号的分辨和测量。在免疫细胞化学等测量中，对于结合水平不高的荧光抗体来说，如何提高信噪比是个关键。一般说来，细胞成分中能够产生自发荧光的分子（例如核黄素、细胞色素等）的含量越高，自发荧光越强；培养细胞中死细胞／活细胞比例越高，自发荧光越强；细胞样品中所含亮细胞的比例越高，自发荧光越强。